地下实验室是开展粒子物理学、天体物理学及宇宙学等领域重大基础前沿物理实验研究的场所。清华大学与雅砻江流域水电开发有限公司充分发挥我国制度优势，利用锦屏水电站工程，2010年在地下2400米处建成中国锦屏地下实验室（CJPL）一期，可用实验空间约4000立方米，实现我国极深地下实验室突破。与世界其他实验室相比，CJPL岩石覆盖最深、宇宙线通量最小、交通便捷、电力充足、水源便利、基础设施完备。

CJPL开展了清华大学高纯锗直接探测合作组（CDEX）、上海交通大学液氙直接探测合作组（PandaX）等暗物质直接探测实验。CDEX合作组成立于2009年，由清华大学牵头，联合四川大学、南开大学、中国原子能科学研究院、雅砻江流域水电开发有限公司等单位的科研人员组成，利用高纯锗探测器开展暗物质直接探测实验。2010年，CDEX合作组率先在CJPL开展暗物质直接探测研究，2013年发表我国首个暗物质直接探测物理结果，其后发表的一系列暗物质研究成果给出了同类型实验国际最灵敏实验结果，在较短时间内推动我国暗物质研究从无到有，并达到国际先进水平，由“跟跑”变成“并跑”。CJPL还建立我国唯一的极低本底测量平台GeTHU，达到国际先进水平。

中国锦屏地下实验室一期（CJPL-I）

CJPL于2014年底开展二期建设，已完成4个长130米×宽14米×高14m实验大厅土建工程，可用空间增加到了30万立方米，可用地下实验空间世界最大。CJPL申请了国家十三五重大科技基础设施“极深地下极低辐射本底前沿物理实验设施”，可在短时间内建成性能指标未来30年内国际领先的重大科技基础设施，实现“弯道超车”，为国内外前沿物理实验提供“开放共享”平台，推动我国粒子物理和核物理领域的重大基础前沿研究率先取得重大突破。

中国锦屏地下实验室二期（CJPL-II）